10月21日新华社报道称，由科技部、财政部共同起草的《关于深化中央财政科技计划(专项、基金等)管理改革的方案》(以下简称方案)即将发布实施。方案提出，政府不再直接管理具体项目，将依托专业机构来具体管理。
　　与过去类似方案不同，本次方案经过9月29日深改组会议审议通过，被视为三中全会科研体制改革的切口。国家主席、深改组组长习近平在当日的会议上指出，科技计划存在不少问题，突出表现在科技计划碎片化和科研项目取向聚焦不够两个问题上。方案在改革各方面做出了规划，即将对现有科技计划(专项、基金等)优化整合，以提高资金使用效率，而这涉及到1000多亿的中央财政资金的具体使用。
　　“这次方案提出将改变现有的科研碎片化状态，通过国家管理平台、部委联席会议或成立科技战略咨询专家委员会改变现有模式中的不合理情况。” 国研中心一位长期从事科研体制改革的研究人员对21世纪经济报道记者表示，“这项工作已经开展多年，改革难度较大，还需要落实很多工作。”
　　影响尚未深入到相关部委。工信部科技司人士告诉21世纪经济报道记者，在刚刚过去的领导小组会议上通过了重大专项，流程依旧按照之前的做法上报财政部、科技部、发改委三个部门。“不是一时半会调整过来的，出台后也需要一段时间进行适应。”农业部信息中心技术服务处人士也表示尚未感到相关变化，改革的效果也需要时间证明。
　　政府不再直接管理项目
　　前述人士还向21世纪经济报道记者透露，联席会议是否会彻底改变现有体制中的不合理还不可而知，专家委员会的具体设置也需进一步出台相关细节。“但可以确定的这必将对部委之间的信息互通带来好处，从一定程度上减少科研经费和力量的重叠。”他说。
　　这将导致科技项目申请流程的变化。目前的科技重大项目在各个部委都有相关设置，如科技部国家重点基础研究发展计划(973计划)、国家高技术研究发展计划(863计划)、国家科技支撑计划、国际科技合作与交流专项，发改委、工信部管理的产业技术研究与开发资金等。
　　科研项目数量和种类繁多在申请科研项目时造成很多不必要的麻烦。前述国研中心知情人士透露，新《方案》将会把这些项目都统一归为几个大类，包括可能涉及的重大专项、科技计划、产业化专项等。“之后申请项目将统一按照几大类申请，这就可以大大避免申请者不知道向哪个部委申请的尴尬局面。”他说。
　　不仅如此，过去的科研体制要求不同部委的不同的司局管理各自的项目，由官员组织专家论证后发放资金。方案实施后，官员将不再专门管理，而是委托给专业机构或事业单位。方案明确要求，政府各部门不再直接管理具体项目，不再管理资金和项目的具体分配，科研项目的具体管理工作由专业机构负责。
　　财政部科教文司司长赵路认为，政府不直接参与项目管理，将重点放在规划、布局、管理监督上，不仅有利于杜绝“跑部拿钱”的现象，还能倒逼政府转变职能，为科技创新提供好的服务。
　　方案中提到还要组建若干专业机构，国家自然科学基金是国内目前运行得较不错的专业项目管理机构。据其官网介绍，国家自然科学基金委于1986年成立，成立以来建立健全了“决策、执行、监督、咨询相互协调”的科学基金管理体系。
　　部委资金整合
　　财政部的数据显示，2013年中央财政科技支出为2460.59亿元，占中央本级财政支出的比重为10.22%。今年中央财政预算安排的科技支出为2763.9亿元，同比增长8.9%，略低于此前8年的平均增速。通过财政部相关数据计算显示，自2006年以来中央财政科学技术支出年均增长率约18%，保持了较高的增长速度。
　　这部分资金主要用于科研机构基本运行、科研条件建设、科研项目、科学普及等，其分配管理主要涉及财政部、科技部、发改委、教育部、工信部、农业部、自然科学基金会等部门和单位，其中财政部主要负责中央财政科技资金总的预算编制、执行、决算，制定经费管理制度等，其他各部门根据职责具体分配使用管理财政科技资金。
　　中央财政科研项目的重复分散问题，直接影响到财政资金的使用效益。前述国研中心人士对21世纪经济报道记者表示，“财政部过去的原则是经费跟去年相比不要有太大变化，但对于部委来说，一些新成立的部委就希望可以多批一些经费。”
　　方案称，改革针对所有实行公开竞争方式的中央财政科技计划，占到中央财政民口科研经费一半以上。按照2014年2763.9亿的中央财政科技支出计算，改革针对的财政资金将超过1000亿。
　　方案将优化整合中央财政科技计划(专项、基金等)布局，建立主要包括五个方面新的科技计划(专项、基金等)体系，即：国家自然科学基金、国家科技重大专项、国家重点研发计划、技术创新引导专项(基金)和基地与人才专项。其中，国家重点研发计划将整合973计划、863计划、国家科技支撑计划、国际科技合作与交流专项及发展改革委、工信部的产业技术研究与开发资金等。这些分散的科研计划在过去数年的经费支出高达上千亿。
　　2013年10月，财政部长楼继伟向全国人大常委会作《国家财政科技资金分配与使用情况》的专项报告时披露，2006-2012年共安排国家科技支撑计划、863计划和公益性行业科研专项经费1014.7亿元，以支持开展对经济社会发展具有重要作用的科技研发活动。同期，安排自然科学基金和973计划经费800亿元，支持开展自由探索，面向国家重大战略需求。
　　财政部部长楼继伟接受采访时说，(改革)就是一个方向，就是一套资金支持，没有多部门，也没有分那么多阶段，也是解决长期存在的分散、零乱、形不成合力(等问题)，所以也是财税改革一个主要内容。