一、”间接费用”的核算内容
　　根据《国家农业综合开发资金和项目管理办法》(财政部令第29号)的有关规定，对”间接费用”科目所包含的内容作适当调整：取消土地治理项目前期工作费，将项目建设中发生的工程监理费、勘察设计费、工程预决算审计费纳入间接费用范畴，即调整后的”间接费用”科目包括工程监理费、勘察设计费、工程预决算审计费、材料损耗等。
　　二、项目管理费的会计核算
　　根据财政部令第29号的有关规定，县级农发办事机构提取使用的项目管理费不计入工程成本，直接在”农发资金支出”科目下增设”项目管理费”二级明细科目单独反映。
　　三、贷款贴息的会计核算
　　为加强财政贷款贴息资金的管理，在”农发资金支出”科目下增设”贴息资金”二级明细科目，单独反映中央和地方财政安排的贷款贴息资金。
　　四、工程监理费的会计核算
　　根据财政部令第29号《国家农业综合开发土地治理项目工程建设监理办法(试行)》(国农办[2004]49号)等有关规定，农业综合开发土地治理项目发生的工程监理费通过省级农发办事机构报账时，应按实际发生数分摊计入工程成本。
　　(一)省级农发资金管理部门的账务处理。
　　1.省级农发资金管理部门从本级财政配套资金中安排工程监理费时，借记”银行存款”等科目，贷记”拨入本级财政资金”科目。
　　2.按照监理合同，省级农发资金管理部门预付工程监理费时，借记”应收款项”科目，贷记”银行存款”科目。
　　3.省级农发资金管理部门与监理单位办理结算，支付剩余的工程监理费时，借记”应收款项”科目，贷记”银行存款”、”应付质量保证金”等科目。
　　工程监理的质量保证金在省级农发资金管理部门以应付款的方式挂账。
　　工程项目验收合格后，省级农发资金管理部门将质量保证金支付给监理公司时，借记”应付质量保证金”科目，贷记”银行存款”科目；
　　工程项目验收不合格，省级农发资金管理部门将该部分资金转入”未完项目结存”科目，借记”应付质量保证金”科目，贷记”未完项目结存”科目。
　　4.省级农发资金管理部门向下级农发资金管理部门下达分摊监理费用通知时，借记”拨出资金”科目，贷记”应收款项”科目。
　　(二)市级农发资金管理部门的账务处理。
　　省级农发资金管理部门根据监理合同，向各(市、县)下达分摊监理费用的通知，市级农发资金管理部门收到通知时，借记”拨出资金”科目，贷记”拨入上级财政资金”科目。
　　(三)县级农发资金管理部门的账务处理。
　　市级农发资金管理部门向县级农发资金管理部门转发分摊监理费用的通知，县级农发资金管理部门收到通知时，财政资金专账借记”拨出资金”科目，贷记”拨入上级财政资金”科目。报账资金专账借记”间接费用”科目，贷记”拨入资金”科目。
　　以上各级收入、支出年终结转的会计核算按照《农业综合开发资金会计制度》(财发[2001]55号)的有关规定执行。关于间接费用的分配，结转完工项目支出以及年终转账的账务处理与正常项目支出相同。
　　五、参股经营资金的会计核算
　　按照《国家农业综合开发投资参股经营试点管理办法》(财发[2005]39号)，为使国家投入的资产保值增值，增设”参股经营投资”(第134号科目)、”转出参股经营资金”(第135号科目)、”转入参股经营资金”(第212号科目)、”本级参股经营资金”(第351号科目)、”参股经营收益”(第352号科目)五个一级科目。以上科目为财政资金专账使用，用于核算农业综合开发财政资金投资参股经营情况。
　　(一)收到本级财政部门拨入财政参股经营资金时的会计核算。收到本级财政部门拨入财政参股经营资金时，借记”银行存款”等科目，贷记”本级参股经营资金”科目。
　　(二)上下级农发资金管理部门间拨付财政参股经营资金时的会计核算。上级农发资金管理部门拨付财政参股经营资金给下级农发资金管理部门时，借记”转出参股经营资金”科目，贷记”银行存款”等科目；下级农发资金管理部门收到上级农发资金管理部门财政参股经营资金时，借记”银行存款”等科目，贷记”转入参股经营资金”科目。
　　(三)投资参股时的会计核算。拨付资产运营公司财政参股经营资金时，借记”参股经营投资”科目，贷记”银行存款”等科目。
　　(四)收到投资分红时的会计核算。收到投资分红时，借记”银行存款”等科目，贷记”参股经营收益”科目。
　　(五)国有股权转让退出时的会计核算。财政参股经营资金形成的国有股权转让退出，溢价转让时，借记”银行存款”等科目，贷记”参股经营投资”、”参股经营收益”等科目；折价转让时，借记”银行存款”、”参股经营收益”等科目，贷记”参股经营投资”科目。
　　(六)参股经营企业破产清算时的会计核算。财政参股经营资金形成的国有股权分得破产清算资金时，借记”银行存款”、”参股经营收益”等科目，贷记”参股经营投资”科目。
　　(七)收益分配的会计核算。属于上级财政参股经营资金获得的收益，转给上级农发资金管理部门时，借记”参股经营收益”科目，贷记”银行存款”等科目；从参股经营收益分红中支付资产运营机构运营费用时，借记”参股经营收益”科目，贷记”银行存款”等科目。

　　附：会计核算举例

　　一、工程监理费会计业务举例
　　按照有关规定，省年计划安排使用工程监理费200万元，当年实际发生监理费用150万元。
　　(一)省级农发资金管理部门的账务处理。
　　1.省级农发资金管理部门从本级财政配套资金中安排工程监理费200万元。
　　借：银行存款　2，000，000
　　　　贷：拨入本级财政资金——工程监理费　2，000，000
　　2.按照监理合同，省级农发资金管理部门预付监理费用45万元。
　　借：应收款项-监理公司　450，000
　　　　贷：银行存款　450，000
　　3.按照监理合同与监理公司结算，支付剩余款项并预留质量保证金30万元。
　　借：应收款项-监理公司　1，050，000
　　　　贷：银行存款　750，000
　　　　　应付质量保证金——监理公司　300，000
　　4.省级农发资金管理部门下划工程监理费用支出150万元。
　　借：拨出资金——工程监理费——市(县)　1，500，000
　　　　贷：应收款项-　监理公司　1，500，000
　　工程监理的质量保证金在省级农发资金管理部门以应付款的方式挂账。
　　项目验收合格，省级农发资金管理部门将质量保证金支付给监理公司。
　　借：应付质量保证金——监理公司　300，000
　　　　贷：银行存款　300，000
　　工程验收不合格，省级农发资金管理部门将该部分资金转入”未完项目结存”。
　　借：应付质量保证金-　监理公司　300，000
　　　　贷：未完项目结存-监理费结存　300，000
　　下年度，省按照规定应安排使用的工程监理费为300万元，扣除上年结存的50万元后，实际安排数为250万元。
　　(二)市级农发资金管理部门的账务处理。
　　省级农发资金管理部门根据监理合同，向各(市、县)下达分摊监理费用的通知，市应分摊50万元。
　　借：拨出资金——工程监理费——县　500，000
　　　　贷：拨入上级财政资金——工程监理费　500，000
　　(三)县级农发资金管理部门的账务处理。
　　市级农发资金管理部门向县级农发资金管理部门转发分摊监理费用的通知：
　　县应分摊20万元。
　　财政资金专账：
　　借：拨出资金——工程监理费　200，000
　　　　贷：拨入上级财政资金——工程监理费　200，000
　　报账资金专账：
　　借：间接费用　200，000
　　　　贷：拨入资金——工程监理费　200，000
　　二、参股经营资金会计业务举例
　　1.上级农发资金管理部门向下级农发资金管理部门拨付农业综合开发财政参股经营资金100万元。
　　借：转出参股经营资金——省　1，000，000
　　　　贷：银行存款　1，000，000
　　2.收到上级农发资金管理部门拨入的农业综合开发财政参股经营资金100万元。
　　借：银行存款　1，000，000
　　　　贷：转入参股经营资金　1，000，000
　　3.收到本级财政部门拨入的农业综合开发财政参股经营资金50万元。
　　借：银行存款　500，000
　　　　贷：本级参股经营资金　500，000
　　4.农发资金管理部门根据委托监管协议拨付给某资产运营机构财政参股经营资金150万元。
　　借：参股经营投资——某参股经营项目　1，500，000
　　　　贷：银行存款　1，500，000
　　5.农发资金管理部门收到某资产运营机构汇来的投资分红10万元。
　　借：银行存款　100，000
　　　　贷：参股经营收益——某参股经营项目　100，000
　　6.资产运营机构按110%的价格转让国有股权140万元，农发资金管理部门收到转让收入154万元。
　　借：银行存款　1，540，000
　　　　贷：参股经营投资——某参股经营项目　1，400，000
　　　　　　参股经营收益　140，000
　　7.参股经营企业因经营不善破产，农发资金管理部门收到待处置10万元国有股权分得的破产清算资金2万元。
　　借：银行存款　20，000
　　　　参股经营收益　80，000
　　贷：参股经营投资-某参股经营项目　100，000
　　8.按投资比例上缴上级农发资金管理部门应得的投资净收益10.67万元{(10万元+14万元-8万元)*100万元/(100万元+50万元)}。
　　借：参股经营收益　106，667
　　　　贷：银行存款　106，667
　　9.上缴上级农发资金管理部门财政参股经营资金100万元。
　　借：转入参股经营资金　1，000，000
　　　　贷：银行存款　1，000，000
　　10.从参股经营经营收益中支付资产运营机构运营费用2万元。
　　借：参股经营收益　20，000
　　　　贷：银行存款　20，000
　　11.上级农发资金管理部门收到下级农发资金管理部门缴入的财政参股经营资金100万元。
　　借：银行存款　1，000，000
　　　　贷：转出参股经营资金——省　1，000，000