农产品加工企业一般是以农业初级产品为主要生产原料加工产品销售的企业。企业生产的产品缴纳增值税时，一般纳税人适用17％或13％的税率；而小规模纳税人适用6％的征收率。《财政部、国家税务总局关于提高农产品进项税抵扣率的通知》（财税[2002]12号）规定：从2002年1月1日起，增值税一般纳税人购进农业生产者销售的免税农业产品的进项税额扣除率由10％提高到13%.而按照税法规定，小规模纳税人没有进项税额可以抵扣，只是按不含税销售收入的6％缴纳增值税。
   
     根据《增值税暂行条例》及《实施细则》规定，生产型加工企业销售收入达到100万元以上的，符合规定条件的，可以申请为增值税一般纳税人。但是，财政部和国家税务总局联合发布的《关于贯彻国务院有关完善小规模商业企业增值税政策的决定的通知》（财税字[1998]113号）规定，从事货物生产或提供应税劳务的企业，年应税销售额在100万元以下、30万元以上的，如果财务核算健全，仍可认定为一般纳税人。据以上税法规定，收入不足100万元的农产品加工企业，既可以申请办理一般纳税人，按一般纳税人缴纳增值税，也可以不申请办理一般纳税人，而按小规模纳税人缴纳增值税。
   
      那么，纳税人如何选择增值税纳税人身份呢？
   
     先来作个分析：假如某农产品加工企业年度含税销售收入为A元，税率为17％；当年购进农产品金额为B元，则进项税额为B×13％。则一般纳税人缴纳增值税为：A÷（1＋17％）×17％－B×13％；小规模纳税人税率为6％，应纳增值税为：A÷（1＋6％）×6％。
   
     当一般纳税人缴纳税收等于小规模纳税人缴纳税收时，正好处于一个临界点。
   
     即：A÷（1＋17％）×17％－B×13％＝A÷（1＋6％）×6％。计算结果得出：B÷A＝68.23％。
   
     即在加工企业产品适用17％的增值税税率的情况下，收购可抵扣进项的农产品金额占含税销售收入比重超过68.23％时，一般纳税人税负轻于小规模纳税人；当收购可抵扣进项的农产品金额占含税销售收入比重小于68.23％时，小规模纳税人税负轻于一般纳税人。
   
    例：当含税销售收入为100万元，有农产品收购凭证的购进金额为68.5万元时，一般纳税人应缴纳增值税为：100÷（1＋17％）×17％－68.5×13％＝5.625（万元）；小规模纳税人应缴纳增值税为：100÷（1＋6％）×6％＝5.66（万元）。当含税销售收入为100万元，有农副产品收购凭证的购进金额为68万元时，一般纳税人应缴纳增值税为：100÷（1＋17％）×17％－68×13％＝5.69（万元）；小规模纳税人应缴纳增值税为：100÷（1＋6％）×6％＝5.66（万元）。
   
    同样道理，如果农产品加工企业适用13％税率时，其临界点计算为：
   
    A÷（1＋13％）×13％－B×13％＝A÷（1＋6％）×6％。计算结果得出：B÷A＝44.92％。
   
     即在加工企业产品适用13％的增值税税率的情况下，收购可抵扣进项的农产品金额占含税销售收入比重超过44.92％时，一般纳税人税负轻于小规模纳税人；当收购可抵扣进项的农产品金额占含税销售收入比重小于44.92％时，小规模纳税人税负轻于一般纳税人。
   
     实际中，由于一般纳税人还有其他诸如辅助原料、运费、动力等可以抵扣的进项税额，应一并结合分析考虑。